江戸に生まれる。父橋本養邦に狩野派の技法を学び、13歳で狩野雅信に師事。塾頭として活躍し、26歳で独立。後、アーネスト・フェノロサ、岡倉天心と知遇を得、明治21年（1888）に設立された東京美術学校に奉職。指導教官として横山大観をはじめ多く逸材を育てた。同31年（1898）に東京美術学校騒動で天心とともに下野し、日本美術院主幹となる。「近代日本画の育ての親」とも呼ばれる。